-
Notifications
You must be signed in to change notification settings - Fork 0
/
Copy pathrandomNW_setup.py
165 lines (156 loc) · 6.04 KB
/
randomNW_setup.py
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
#!/usr/bin/env python
# -*- coding: utf-8 -*-
################################################################
try:
from network_setups import RandomNW
from network_setups import SetupInitUDF
from setups import EquivCalcSetup
except ImportError:
import sys
import os
import platform
#
if platform.system() == "Windows":
py_mod = 'z:/python_modules'
elif platform.system() == "Linux":
py_mod = '/mnt/Synology/python_modules'
#
if os.path.exists(py_mod):
sys.path.append(py_mod)
#
from network_setups import RandomNW
from network_setups import SetupInitUDF
from setups import EquivCalcSetup
else:
sys.exit("path for modules is not correct\nPlease check it!!")
################################################################
## 計算条件
##################
# 使用するCognacのバージョンを入れてください。
ver_cognac = "cognac101"
blank_udf = 'cognac101.udf'
# ベースとするUDFの名前
base_udf = "base_uin.udf"
# 計算に使用するコア数
core = 6
###########
files_cond = [ver_cognac, blank_udf, base_udf, core]
################################################################
# 基本ネットワーク関連の設定
################################################################
# 設定したい分岐数
n_strand = 4
#################
# ストランドの長さ
n_segments = 50
##########################
# 一辺当たりの単位ユニット数
n_cell = 3
#################
# ストランドの側鎖
n_sc = 0
#####################
# ネットワークの多重度
multi_init = 1
###################################
# NPT 計算での初期膨潤度
expand = 3
################################################################
# トポロジー変換に関する設定
################################################################
# リスタートの有無
restart = 1
############################################################
# プレ探索の条件：繰り返しサンプリング数、最小構造探索の繰り返し数
pre_sampling = 1000
pre_try = 100
# 本探索条件
n_sampling = 1000
n_try = 1000
###############
cond_top = [pre_try, pre_sampling, n_try, n_sampling]
################################################################
# ヒストグラム関連の設定
################################################################
# ヒストグラムの分割数
hist_bins = 50
################################################################
# ネットワークのタイプ
################################################################
# nw_type = "Sunuke" # 密度、末端間距離を設定値に合わせるように多重度を変化して、スヌケ鎖を設定
# nw_type = "KG_NPT" # 密度、末端間距離を設定値に合わせるように多重度を変化。 絡み合いが入らないように初期化
nw_type = "KG_multi" # 密度、末端間距離を設定値に合わせるように多重度を変化。 絡み合いが入るように初期化
# nw_type = "KG_gel" # 設定した多重度で、密度、末端間距離を設定値に合わせるように、溶剤を添加
##############################
if nw_type == "Sunuke":
l_bond = 0.97
c_n = 1.26
target_density = 0.85
elif nw_type == "KG_gel":
l_bond = 0.97
c_n = 1.26
target_density = 0.85
elif nw_type == "KG_multi":
l_bond = 0.97
c_n = 1.65
target_density = 0.85
elif nw_type == "KG_NPT":
l_bond = 0.97
c_n = 1.26
target_density = 0.85
#
nw_model = ''
sim_cond = [nw_model, nw_type, n_segments, n_cell, multi_init, target_density, n_strand, l_bond, c_n, expand]
####################################################
# Cognac用の名称設定
nw_name = "Network"
atom_name = ["JP_A", "End_A", "Strand_A", "Side_A", "Solvent"]
bond_name = ["bond_JP-Chn", "bond_Strand", "bond_Side"]
angle_name = ["angle_AAA"]
site_name = ["site_JP", "site_End", "site_Strand", "site_Solvent"]
pair_name = ["site_JP-site_JP", "site_Strand-site_JP", "site_Strand-site_Strand",
"site_JP-site_End", "site_Strand-site_End", "site_End-site_End",
"site_Solvent-site_Solvent", "site_Solvent-site_JP", "site_Solvent-site_End",
"site_Solvent-site_Strand"]
site_pair_name = [
["site_JP", "site_JP"],
["site_Strand", "site_JP"],
["site_Strand", "site_Strand"],
["site_JP", "site_End"],
["site_Strand", "site_End"],
["site_End", "site_End"],
["site_Solvent", "site_Solvent"],
["site_Solvent", "site_JP"],
["site_Solvent", "site_End"],
["site_Solvent", "site_Strand"],
]
names = [nw_name, atom_name, bond_name, angle_name, site_name, pair_name, site_pair_name]
################################################################
def main():
################################################################
######################################
# 初期状態を設定し、基本となるデータを取得
args = sys.argv
init = RandomNW.InitialSetup(sim_cond, restart, args)
read_file_path, target_name, target_cond, base_top_list = init.get_base_data()
###################################################################################################
# トポロジーの異なるネットワークを探索して、任意の多重度のネットワークポリマーの代数的連結性の分布関数を策定
mod = RandomNW.ModifyTop(base_top_list, sim_cond, cond_top, target_cond, hist_bins, read_file_path)
top_dic_list = mod.find_top(restart)
###########################################
# ターゲットとなるネットワーク全体の辞書を設定。
setup = RandomNW.SetUp(top_dic_list, base_top_list, n_segments, n_sc)
calcd_data_dic = setup.make_data_dic()
##################
# baseUDF の作成
baseudf = SetupInitUDF.MakeInitUDF(sim_cond, target_cond, files_cond, names, target_name, calcd_data_dic, expand)
target_dir = baseudf.setup_baseudf()
##################
# Init_UDF の作成
setup = EquivCalcSetup.SetUpUDF(nw_type, files_cond, target_name, py_mod, target_dir, names)
setup.setup_udf()
################################################################################
# Main #
################################################################################
if __name__=='__main__':
main()