m1.txt

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3
........((((((.....................))))))..............  % structure
AAUAUAAACCUCUUAACAACCUUGUGGCGCCUUUAAAGAGGAGAAAUUAUGAAUG % initial sequence 
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAGAGGAGAAATTATGAATG % sequence constraint
@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@RRRRRRRRRRRRRRRRRRRRR % structure constraints when an RNA-complex is formed
3  % number of mutation sites
6  % distance 
1  % flag  = 1 to preserve the stems as much as possible, flag = 0 will not preserve structure of the RNA monomers 

.............(((((((((((((((((....)))))).)))))))))))...................
#
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
3
6
1

....(((((((.(((........))).)))))))....((((((((((((((.......))))))))))))))......
#
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
3
6 
1

AND % the preset logic gate, other options are OR, XOR, NOR, XNOR, NAND, YES, NOT
30000
BASIC_REPEAT_CHECK
MONTE_CARLO_MODE